Kostel je vystavěný na půdorysu ve tvaru pěticípé hvězdy. Tato skutečnost má vycházet z legendy, ve které se praví, že se v místě, kde Jan Nepomucký utonul, objevila koruna z pěti hvězd. Tento symbol se pak objevuje opakovaně i v dalších prvcích stavby.
Kostel je přístupný pěti vchody, nachází se zde pět kaplí s pěti oltáři. Pět písmen má i latinské slovo TACUI – mlčel jsem. To je vyjádřením legendy, podle které světec zaplatil svým životem za to, že neprozradil zpovědní tajemství královny Žofie. Ve výčtu skutečností charakterizovaných číslem pět bychom pak mohli pokračovat i nadále.
Dominantou kopule kostela je velký červený jazyk, atribut svatého Jana Nepomuckého, obklopený kruhem plamenů, z něhož prosvítají paprsky. Tato výzdoba je však výsledkem změny původního projektu, který na tomto místě nejprve obsahoval ústřední deseticípou hvězdu. Posléze ale projektant reagoval na skutečnost, že byla pro nový chrám získána vzácná relikvie, lingula sv. Jana Nepomuckého (kost, ke které je přirostlý jazyk) a této skutečnosti využil k posílení významu svatostánku, a to jako relikviáře. Znázorněný jazyk má být symbolem vítězné zbraně – meče mučedníka Jana. Proto také některá okna mají tvar jazyka, konkrétně ta v kaplích nad vstupními vestibuly. Další okna pak vyplňuje tvar biskupské mitry, čímž odkazují na právo zdejších opatů nosti při slavnostních příležitostech mitru. Posledním tvarem, který zde byl u oken použit, je sférický rovnostranný trojúhelník, symbolizující Nejsvětější Trojici.
