Kostel bylo nutné vybavit již pro jeho zasvěcení, ke kterému došlo 27. září 1722. Při této příležitosti se zde nalézalo převážně provizorní vybavení, které posléze nahradil stálý mobiliář. Oltář, jako ústřední a nejdůležitější součást vybavení, navrhoval sám Santini.

Pozadí oltáře je tvořeno bohatě zdobeným a řaseným baldachýnem na garnýži. Ústřední socha představuje svatého Jana Nepomuckého stojícího na zeměkouli a opticky stoupajícího vzhůru. Pět osmicípých cisterciáckých hvězd na zeměkouli představuje 5 kontinentů, na kterých bylo šířeno křesťanství. Zeměkoule je obklopena třemi anděly, kompozičně rozmístěnými do tvaru písmene V, další dva stejně velcí andělé po stranách odhrnují baldachýn, který tvoří pozadí celého výjevu. Nad světcovou hlavou byla ještě umístěna trojice malých andílků, z nichž jeden drží v ruce klíč a druhý pečetítko, což můžeme znovu chápat jako odkaz na světcovo mlčení. Boční oltáře jsou zasvěceny čtyřem evangelistům: Matoušovi s andělem, Markovi se lvem, Lukášovi s býkem a Janovi s orlem.

Na hlavním i na bočních oltářích, jejichž podkladem byly opět Santiniho návrhy, začal pracovat chrudimský sochař Jan Pavel Czechpauer. Po jeho smrti dokončil hlavní oltář až v roce 1729 sochař Řehoř Theny, jehož dílem je také sochařská výzdoba kazatelny. Stříbrná poutní socha sv. Jana Nepomuckého byla podle Thenyho modelu vyrobena pražským zlatníkem Janem Norbertem Diesbachem.

Ambit okolo chrámu má půdorys deseticípé hvězdy a je prolomen pěti branami. Střechy bran byly původně zdobeny pěti sochami Janových ctností, dodnes se zachovaly tři z nich, sochy byly ještě doprovázeny štítonoši. V dobových pramenech jsou také zmiňovány zvony, kterých tu mělo být také pět. Kdysi bohaté zdobení štukových obrazců a žeber na klenbách se dochovalo jen v mizivém rozsahu. V ambitu se nachází pět kaplí, z nichž jedna je vyzdobena freskami. Této kapli se říkalo kaple německá, protože v ní bývaly slouženy mše v němčině. Ambit byl navržen architektem současně s chrámem, k jeho dokončení však došlo zřejmě až kolem roku 1735. To znamená, že se architekt definitivního dokončení svého díla nedožil, neboť Santini zemřel už v roce 1723. Ambit, který je častou součástí poutních míst, měl také praktický účel, sloužil poutníkům, kteří přicházeli na Zelenou horu, ti se mohli v ambitu skrýt před deštěm, dokonce v něm i odpočívali a nocovali. Vnitřní stěny pak při slavnostních příležitostech zdobila řada symbolických výjevů umístěných v kartuších. Tuhé zimy byly v šedesátých letech 18. století důvodem k mírným úpravám ambitu, byly zazděny některé portály z chodby do nádvoří a sníženy portály bran a kaplí.