V poválečných letech 1922 a 1923 došlo pouze k výměně části oken v kostele, ambit se oprav nedočkal a chátral. Druhá světová válka a léta poválečná znamenala naprostou absenci oprav a údržby celého areálu.

V roce 1953 se stal vlastníkem poutního areálu stát a současně převzal i povinnost zajistit jeho údržbu. Stavební obnova areálu probíhala až v 70. a na počátku 80. let 20. století.

Vzhledem k vývoji teorie památkové péče jako oboru a jejího vlivu na každodenní praxi došlo k přípravě obnovy a postupnému zpracovávání detailních průzkumů a poté projektů k jednotlivým rekonstrukčním zásahům. Hledání autentické stavební podoby a rekonstrukční práce se v některých ohledech neobešly bez odborných chyb a problémy se začaly objevovat i ve sféře personálního zajištění stavebních zásahů. Nové generace řemeslníků postrádaly znalosti a návyky související s původními technologiemi.

V roce 1994 započala příprava podkladů pro žádost o zařazení areálu na Seznam světového přírodního a kulturního dědictví UNESCO. Na konci roku 1994 schválil Výbor pro světové dědictví UNESCO zařazení poutního kostela na tento prestižní seznam.

Tato bezesporu významná událost ještě zpřísnila pohled odborné instituce, kterou je Národní památkový ústav, na veškeré dění v areálu kostela. Všechny kroky v oblasti oprav a rekonstrukcí tak musí být nejen dobře zváženy, ale též dokumentovány a prezentovány v tzv. monitorovací zprávě, která je pro památky zařazené na Seznam světového přírodního a kulturního dědictví každý rok zpracována.

V roce 2001 byl poutní kostel sv. Jana Nepomuckého na Zelené hoře převeden ze správy Okresního úřadu Žďár nad Sázavou do správy Státního památkového ústavu v Brně. Pod touto správou proběhlo restaurování dveří, podlah, opravy omítek, oprava krovu, interiéru – kopule, doplnění a restaurování hvězd.

Od roku 2008 byl poutní kostel sv. Jana Nepomuckého na Zelené hoře ve správě Územního odborného pracoviště Národního památkového ústavu v Telči. Od 1. ledna 2013 přešla správa pod Územní památkovou správu Národního památkového ústavu v Českých Budějovicích.

V červnu roku 2013 podalo Brněnské biskupství žádost o vydání poutního kostela sv. Jana Nepomuckého na Zelené hoře v rámci tzv. církevních restitucí na základě zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi. Dne 27. srpna 2014 podepsali zástupci Národního památkového ústavu, Římskokatolické farnosti Žďár nad Sázavou – II a Biskupství brněnského dohodu o vydání majetku dle zákona o majetkovém vyrovnání s církvemi. Od 28. srpna 2014 je tak památkový areál poutního kostela sv. Jana Nepomuckého na Zelené hoře ve správě církve – Římskokatolické farnosti Žďár nad Sázavou – II.

Dlouholetému žďárskému faráři Vladimírovi Záleskému se krátce nato podařilo zahájit generální opravu celého areálu. Ta probíhala od roku 2016 a v jejím rámci došlo k obnově omítek, odstranění dřívějších nevhodných stavebních zásahů, celkové úpravě Pole poutníků, ale také k osazení ambitu novými prvky – pítkem, pietním místem, křížovou cestou a lavičkami.